Expression profiling using DNA microarrays is an important new method for
analyzing cellular physiology. In "spotted" microarrays, fluorescently
labeled cDNA from experimental and control cells is hybridized to arrayed
target DNA and the arrays imaged at two or more wavelengths. Statistical
analysis is performed on microarray images and show that non-additive
background, high intensity fluctuations across spots, and fabrication
artifacts interfere with the accurate determination of intensity
information. The probability density distributions generated by
pixel-by-pixel analysis of images can be used to measure the precision
with which spot intensities are determined. Simple weighting schemes based
on these probability distributions are effective in improving
significantly the quality of microarray data as it accumulates in a
multi-experiment database. Error estimates from image-based metrics should
be one component in an explicitly probabilistic scheme for the analysis of
DNA microarray data.
Η έκφραση που σχεδιάζει περίγραμμα χρησιμοποιώντας το DNA microarrays είναι μια σημαντική νέα μέθοδος για την κυψελοειδή φυσιολογία. "Επισημαμένοσ" microarrays, επονομαζόμενος fluorescently DNA από πειραματικούς και τον έλεγχο τα κύτταρα υβριδοποιούνται στο παραταγμένο DNA στόχων και τις σειρές imaged σε δύο ή περισσότερα μήκη κύματος. Η στατιστική ανάλυση εκτελείται στις microarray εικόνες και δείχνει ότι το non-additive υπόβαθρο, οι διακυμάνσεις υψηλής έντασης στα σημεία, και τα χειροποίητα αντικείμενα επεξεργασίας παρεμποδίζουν τον ακριβή προσδιορισμό των πληροφοριών έντασης. Οι διανομές πυκνότητας πιθανότητας που παράγονται από την ανάλυση εικονοκύτταρο-από-εικονοκυττάρου των εικόνων μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να μετρήσουν την ακρίβεια με την οποία οι εντάσεις σημείων καθορίζονται. Τα απλά σχέδια στάθμισης βασισμένα σε αυτές τις διανομές πιθανότητας είναι αποτελεσματικά να βελτιώσουν σημαντικά την ποιότητα των microarray στοιχείων όπως συσσωρεύουν σε μια βάση δεδομένων πολυ-πειράματος. Οι εκτιμήσεις λάθους από τις εικόνα-βασισμένες στον μετρικές πρέπει να είναι ένα τμήμα σε ένα ρητά πιθανολογικό σχέδιο για την ανάλυση των microarray στοιχείων DNA.
