The disclosed invention relates to general and specific methods to use the
Primer Extension/Nick Translation (PENT) reaction to create an amplifiable
DNA strand, called a PENTAmer. A PENTAmers can be made for the purpose of
amplifying a controlled length of DNA located at a controlled position
within a DNA molecule, a process referred to as Positional Amplification
by Nick Translation (PANT). In contrast to PCR, which amplifies DNA
between two specific sequences, PANT can amplify DNA between two specific
positions. PENTAmers can be created to amplify very large regions of DNA
(up to 500,000 bp) as random mixtures (unordered positional libraries), or
as molecules sorted according to position (ordered positional libraries).
PANT is fast and economical, because PENTAmer preparation can be
multiplexed. A single PENTAmer preparation can include very complex
mixtures of DNA such as hundreds of large-insert clones, complete genomes,
or cDNA libraries. Subsequent PCR amplification of the preparation using a
single specific primer can positionally amplify contiguous regions along a
specific clone, along a specific genomic region, or along a specific
expressed sequence.
A invenção divulgada relaciona-se aos métodos gerais e específicos para usar a reação (PENT) da tradução do primer Extension/Nick criar uma costa amplifiable do DNA, chamada um pENTAmer. Os pENTAmers podem ser feitos com a finalidade de amplificar um comprimento controlado do DNA situado em uma posição controlada dentro de uma molécula do DNA, um processo consultado como ao amplification posicional por Entalhe Tradução (PANT). No contraste a PCR, que amplifica um DNA entre duas seqüências específicas, o PANT pode amplificar um DNA entre duas posições específicas. Os pENTAmers podem ser criados para amplificar regiões muito grandes de DNA (até 500.000 bp) como misturas aleatórias (bibliotecas posicionais unordered), ou como as moléculas classificadas de acordo com a posição (bibliotecas posicionais requisitadas). O PANT é rápido e econômico, porque a preparação do pENTAmer pode multiplexed. Uma única preparação do pENTAmer pode incluir misturas muito complexas do DNA tais como centenas de grande-introduz clones, genomes completos, ou bibliotecas do DNA. O amplification subseqüente de PCR da preparação que usa um único primer específico pode positionally amplificar regiões contíguas ao longo de um clone específico, ao longo de uma região genomic específica, ou ao longo de uma seqüência expressada específica.
