A method for associating a gene with a trait exhibited by one or more
organisms in a plurality of organisms from a species. A genetic marker
map is constructed from a set of genetic markers associated with the
plurality of organisms. For each gene in a plurality of genes, a
quantitative trait locus analysis is performed using the genetic marker
map and a quantitative trait. The quantitative trait locus analysis
produces quantitative trait locus data. A quantitative trait comprises an
expression statistic for a gene. The expression statistic for a gene is
derived from a cellular constituent level that corresponds to the gene in
each organism in the plurality of organisms. The quantitative trait locus
data are clustered from each quantitative trait locus analysis to form a
quantitative trait locus interaction map. Clusters of genes in the map
are identified as a candidate pathway group. An expression cluster map is
used to refine the candidate pathway group. Multivariate analysis is used
to validate the candidate pathway group as a set of genes that are
genetically interacting.
Μια μέθοδος για ένα γονίδιο με ένα γνώρισμα που εκτίθεται από έναν ή περισσότερους οργανισμούς σε μια πολλαπλότητα των οργανισμών από ένα είδος. Ένας χάρτης γενετικών δεικτών κατασκευάζεται από ένα σύνολο γενετικών δεικτών που συνδέεται με την πολλαπλότητα των οργανισμών. Για κάθε γονίδιο σε μια πολλαπλότητα των γονιδίων, μια ποσοτική ανάλυση γεωμετρικού τόπου γνωρίσματος εκτελείται χρησιμοποιώντας το χάρτη γενετικών δεικτών και ένα ποσοτικό γνώρισμα. Η ποσοτική ανάλυση γεωμετρικού τόπου γνωρίσματος παράγει τα ποσοτικά στοιχεία γεωμετρικού τόπου γνωρίσματος. Ένα ποσοτικό γνώρισμα περιλαμβάνει μια στατιστική έκφρασης για ένα γονίδιο. Η στατιστική έκφρασης για ένα γονίδιο προέρχεται από ένα κυψελοειδές ιδρυτικό επίπεδο που αντιστοιχεί στο γονίδιο σε κάθε οργανισμό στην πολλαπλότητα των οργανισμών. Τα ποσοτικά στοιχεία γεωμετρικού τόπου γνωρίσματος είναι συγκεντρωμένα από κάθε ποσοτική ανάλυση γεωμετρικού τόπου γνωρίσματος για να διαμορφώσουν έναν ποσοτικό χάρτη αλληλεπίδρασης γεωμετρικού τόπου γνωρίσματος. Οι συστάδες των γονιδίων στο χάρτη προσδιορίζονται ως ομάδα διαβάσεων υποψηφίων. Ένας χάρτης συστάδων έκφρασης χρησιμοποιείται για να καθαρίσει την ομάδα διαβάσεων υποψηφίων. Η πολλών μεταβλητών ανάλυση χρησιμοποιείται για να επικυρώσει την ομάδα διαβάσεων υποψηφίων ως σύνολο γονιδίων που αλληλεπιδρούν γενετικά.
