Method for prediction of binding targets and the design of ligands

   
   

A computer-based method for the identification of binding targets in proteins and other macromolecules is provided. More particularly, the invention includes an algorithm aimed at predicting binding targets in proteins. This algorithm, named Woolford, requires knowledge of the high resolution structure of the protein but no knowledge of the location or identity of natural binding sites or ligands. Binding targets in the protein are identified and classified according to their expected optimal affinities. Binding targets can be located at the protein surface or at internal surfaces that become exposed as a result of partial unfolding, conformational changes, subunit dissociation, or other events. The entire protein is mapped according to the binding potential of its constituent atoms. Once binding targets are identified, optimal ligands are designed and progressively built by the addition of individual atoms or chemical groups that complement structurally and energetically the selected target. This algorithm is expected to have significant applications in structure-based drug design since it allows: 1) identification of binding targets in proteins; 2) identification of additional targets if the primary target is known; 3) design of ligand molecules with optimal binding affinities for the selected target; and 4) refinement of lead compounds by defining the location and nature of chemical groups for optimal binding affinity.

Обеспечен computer-based метод для идентификации binding целей в протеинах и других макромолекулах. Определенно, вымысел вклюает алгоритм направленный на предсказывая binding цели в протеины. Этот названный алгоритм, Шоолфорд, не требует знания high resolution структуры протеина но никакого знания положения или тождественности естественных связующих сайтов или ligands. Binding цели в протеине определены и расклассифицированы согласно их предпологаемым оптимальным сродствам. Binding цели можно расположиться на поверхности протеина или на внутренне поверхностях будут, котор подвергли действию в результате частично unfolding, изменений conformational, разобщенности субблока, или других случаев. Весь протеин составлен карту согласно binding потенциалу своих составных атомов. Как только binding цели определены, оптимальные ligands конструированы и прогрессивно построены добавлением индивидуальных атомов или химически групп которые комплектуют структурно и напористо выбранная цель. Ы, что имеет этот алгоритм значительно применения в структур-osnovanno1 конструкции снадобья в виду того что он позволяет: 1) идентификация binding целей в протеинах; 2) идентификация дополнительных целей если основная мишень знана; 3) конструкция молекул ligand с оптимальными binding сродствами для выбранной цели; и 4) уточнение смесей руководства путем определять расположение и природу химически групп для оптимального binding сродства.

 
Web www.patentalert.com

< Apparatus and method for treating tumors near the surface of an organ

< Through-log density detector

> Preprinted print rolls for use in an image processing device

> Phasor transducer apparatus and system for protection, control, and management of electricity distribution systems

~ 00122