Provided is a computer-implemented method of analyzing a macromolecule for
potential binding sites that includes: positioning an instance of a
computer representation of a molecule or molecular fragment at a plurality
of sampling sites of the macromolecule; selecting a value of B, wherein
B=.mu.'/kT+1n, where .mu.' is the excess chemical potential, k is
Boltzmann's constant, T is the absolute temperature, and is the
mean number of molecules of the molecule or molecular fragment;
repositioning the instances of the molecule or molecular fragment;
accepting or rejecting each instance of the repositioned molecule or
molecular fragment based on the Metropolis sampling criteria using the
computed binding energy compared to the selected value of B; repeating
these steps at a lesser value of B; outputting a list of unrejected
instances of the molecule or molecular fragment, wherein the molecule or
molecular fragment is an organic fragment; and outputting a list of one or
more clusters of sampling sites, wherein the clusters of sampling sites
include closely located or superimposed sampling sites associated with the
unrejected instances of the molecule or molecular fragment.
Vorausgesetzt eine Computer-eingeführte Methode des Analysierens eines Makromoleküls für mögliche verbindliche Aufstellungsorte ist, das einschließt: Positionierung eines Falls einer Computerdarstellung von einem Molekül oder von molekularem Fragment an einer Mehrzahl der Musterstückaufstellungsorte des Makromoleküls; einen Wert von B vorwählen, worin B=.mu.'/kT+1n, wo mu.' ist das überschüssige chemische mögliche, ist k Konstante Boltzmann, ist T die absolute Temperatur und ist die Mittelzahl Molekülen des Moleküls oder des molekularen Fragments; Umsetzung der Fälle des Moleküls oder des molekularen Fragments; das Annehmen oder das Zurückweisen jedes Falls des umgesetzten Moleküls oder des molekularen Fragments, die auf den Hauptstadtmusterstückkriterien verwenden die Berechnungs- Bindungsenergie basierte, verglichen mit dem vorgewählten Wert von B; Wiederholen dieser Schritte an einem wenig Wert von B; das Ausgeben einer Liste von unrejected Fälle des Moleküls oder des molekularen Fragments, worin das Molekül oder das molekulare Fragment ein organisches Fragment ist; und eine Liste von unrejected einem oder mehr Blöcken der Musterstückaufstellungsorte ausgebend, worin die Blöcke der Musterstückaufstellungsorte nah gefunden oder gelegt einschließen, die Aufstellungsorte probierend, die mit verbunden sind, Fälle des Moleküls oder des molekularen Fragments.
