The present invention relates to a method for the rapid and reliable
detection of drug-induced mutations in the reverse transcriptase gene
allowing the simultaneous characterization of a range of codons involved
in drug resistance using specific sets of probes optimized to function
together in a reverse-hybridization assay. More particularly, the present
invention relates to a method for determining the susceptibility to
antiviral drugs of HIV strains present in a biological sample, comprising:
(i) if need be releasing, isolating or concentrating the polynucleic acids
present in the sample; (ii) if need be amplifying the relevant part of the
reverse transcriptase genes present in said sample with at least one
suitable primer pair; (iii) hybridizing the polynucleic acids of step (i)
or (ii) with at least two RT gene probes hybridizing specifically to one
or more target sequences with said probes being applied to known locations
on a solid support and with said probes being capable of simultaneously
hybridizing to their respective target regions under appropriate
hybridization and wash conditions allowing the detection of homologous
targets, or said probes hybridizing specifically with a sequence
complementary to any of said target sequences, or a sequence wherein T is
replaced by U; (iv) detecting the hybrids formed in step (iii); (v)
inferring the nucleotide sequence at the codons of interest and/or the
amino acids of the codons of interest and/or antiviral drug resistance
spectrum, and possibly the type of HIV isolates involved from the
differential hybridization signal(s) obtained in step (iv).
De onderhavige uitvinding heeft op een methode voor de snelle en betrouwbare opsporing van drug-veroorzaakte veranderingen die in het omgekeerde transcriptasegen de gelijktijdige karakterisering van een waaier van codon betrokken bij drugweerstand gebruikend toestaan betrekking specifieke reeksen sondes die worden geoptimaliseerd om samen in een omgekeerd-kruisingsanalyse te functioneren. Meer in het bijzonder, heeft de onderhavige uitvinding op een methode om de gevoeligheid aan antiviral drugs van HIV spanningen te bepalen huidig in een biologische steekproef betrekking, bestaand uit: (i) vrijgevend, indien noodzakelijk isolerend of concentreert de polynucleic zuren huidig in de steekproef; (ii) indien noodzakelijk vergrotend het relevante deel van de omgekeerde transcriptasegenen huidig in bovengenoemde steekproef met minstens één geschikt inleidingspaar; (iii) kruisend steunen de polynucleic zuren van stap (i) of (ii) met minstens twee het gensondes die van rechts specifiek aan één of meerdere doelopeenvolgingen kruisen met bovengenoemde sondes die toegepaste bekende plaatsen op een vast lichaam en met bovengenoemde sondes die gelijktijdig aan hun respectieve doelgebieden onder aangewezen kruising kunnen kruisen en wassen voorwaarden de opsporing van homologe doelstellingen toestaan, of bovengenoemde sondes die specifiek met een opeenvolging bijkomend aan om het even welk van bovengenoemde doelopeenvolgingen, of een opeenvolging zijn kruisen waarin T door U wordt vervangen; (iv) ontdekkend de hybriden die in stap worden gevormd (iii); (v) het concluderen van de nucleotideopeenvolging bij de codon van belang en/of de aminozuren van de codon van belang en/of antiviral spectrum van de drugweerstand, en misschien het type van HIV isoleert geïmpliceerd van het differentiële kruisingssignaal (s) dat in stap (iv) wordt verkregen.
