The present invention provides a process for the removal of protecting groups, i.e. deprotection, from chemically synthesized oligonucleotides. In one embodiment, the invention provides reagents suitable for use in such a process, and kits incorporating such reagents in a convenient, ready-to-use format. By use of the process and reagents of the invention, side-reactions leading to certain impurities that contaminate the synthesized oligonucleotides can be minimized. Methods and reagents are provided for deprotection of an oligonucleotide by reacting a protected oligonucleotide with a deprotection reagent wherein the deprotection reagent comprises an active methylene compound and an amine reagent. The active methylene compound has the structure: ##STR1## where substituent EWG is an electron-withdrawing group and R is hydrogen, C.sub.1 -C.sub.12 alkyl, C.sub.6 -C.sub.20 aryl, heterocycle or an electron-withdrawing group.

La actual invención proporciona un proceso para el retiro de proteger los grupos, es decir deprotection, contra los oligonucleotides químicamente sintetizados. En una encarnación, la invención proporciona los reactivo convenientes para el uso en tal proceso, y los kits que incorporan tales reactivo en un formato conveniente, listo para utilizar. Por medio del proceso y de los reactivo de la invención, los side-reactions que conducen a ciertas impurezas que contaminen los oligonucleotides sintetizados pueden ser reducidos al mínimo. Los métodos y los reactivo son proporcionados para el deprotection de un oligonucleotide reaccionando un oligonucleotide protegido con un reactivo del deprotection en donde el reactivo del deprotection abarca un compuesto activo del metileno y un reactivo de la amina. El compuesto activo del metileno tiene la estructura: ## del ## STR1 donde está el sustituto EWG un grupo y un R electro'n-que se retiran es hidrógeno, C.sub.1 - C.sub.12 alkyl, C.sub.6 - el aryl C.sub.20, heterocycle o un grupo electro'n-que se retira.