A computational method system, and computer program are provided for inferring functional links from genome sequences. One method is based on the observation that some pairs of proteins A' and B' have homologs in another organism fused into a single protein chain AB. A trans-genome comparison of sequences can reveal these AB sequences, which are Rosetta Stone sequences because they decipher an interaction between A' and B. Another method compares the genomic sequence of two or more organisms to create a phylogenetic profile for each protein indicating its presence or absence across all the genomes. The profile provides information regarding functional links between different families of proteins. In yet another method a combination of the above two methods is used to predict functional links.

Вычислительная система метода, и компьутерная программа обеспечены для inferring функциональные соединения от последовательностей генома. Один метод основан на замечании некоторые пары протеинов а ' и б ' имеют гомологи в другом организме сплавленном в одиночную цепь ab протеина. Сравнение перевозк-genoma последовательностей может показать этими последовательностями ab, которые будут последовательности Rosetta каменные потому что они расшифровали взаимодействие между а ' и б. Другой метод сравнивает genomic последовательность двух или несколько организмов для того чтобы создать филогенетический профиль для каждого протеина показывая свои присутсвие или отсутствие через все геномы. Профиль обеспечивает информацию относительно функциональных соединений между по-разному семьями протеинов. В yet another методе комбинация вышеуказанных 2 методов использована для того чтобы предсказать функциональные соединения.