A computer-assisted method for assigning an amino acid probe sequence to a known three-dimensional protein structure. In particular, the invention includes a method for using the amino acid sequence of a probe plus sequence-derived properties of the probe in making fold assignments. The method includes inputting into a computer system a string p.sub.1, p.sub.2 . . . p.sub.n describing the amino acid sequence of the probe sequence and at least one sequence-derived property for the probe sequence; inputting into a computer system a string t.sub.1, t.sub.2 . . . t.sub.m of structural properties for each member of a library of known 3D structures; executing an alignment algorithm in the computer to compute an alignment score indicating the optimal alignment of the string p.sub.1, p.sub.2 . . . p.sub.n to each string t.sub.1, t.sub.2 . . . t.sub.m by applying a combined compatibility function g(p.sub.i, t.sub.j); determining the statistical significance of each alignment score to determine a best-fit alignment score; and applying the best-fit alignment score to indicate or select the corresponding 3D protein structure from the library for output to a user. The invention includes a computer program implementation of such a method.

Eine computergestützte Methode für das Zuweisen einer Aminosäureprüfspitze Reihenfolge einer bekannten dreidimensionalen Proteinstruktur. Insbesondere schließt die Erfindung eine Methode für das Verwenden der Aminosäurereihenfolge einer Prüfspitze plus Reihenfolge-abgeleitete Eigenschaften der Prüfspitze ein, wenn sie Falte Anweisungen bildet. Die Methode schließt das Eingeben in ein Computersystem einer Zeichenkette p.sub.1, p.sub.2 ein. . . p.sub.n, welches die Aminosäurereihenfolge der Prüfspitze Reihenfolge und der mindestens beschreibt, Reihenfolge-leitete Eigenschaft für die Prüfspitze Reihenfolge ab; in ein Computersystem eine Zeichenkette t.sub.1 eingeben, t.sub.2. . . t.sub.m der strukturellen Eigenschaften für jedes Mitglied einer Bibliothek der bekannten Strukturen 3D; einen Ausrichtung Algorithmus im Computer durchführend, um eine Ausrichtung zu berechnen, zählen Sie die Anzeige der optimalen Ausrichtung der Zeichenkette p.sub.1, p.sub.2. . . p.sub.n zu jeder Zeichenkette t.sub.1, t.sub.2. . . t.sub.m durch das Anwenden einer kombinierten Kompatibilität Funktion g(p.sub.i, t.sub.j); die statistische Bedeutung jeder Ausrichtung Kerbe feststellend, um festzustellen, gut-passen Sie Ausrichtung Kerbe; und das Zutreffen gut-paßte Ausrichtung Kerbe, um die entsprechende Struktur des Proteins 3D von der Bibliothek für Ausgang zu einem Benutzer anzuzeigen oder vorzuwählen. Die Erfindung schließt eine Computerprogramimplementierung solch einer Methode ein.