The present invention relates to compositions, apparatus and methods useful for concurrently performing multiple, high throughput, biological or chemical assays, using repeated arrays of probes. A combination of the invention comprises a surface, which comprises a plurality of test regions, at least two of which, and in a preferred embodiment, at least twenty of which, are substantially identical, wherein each of the test regions comprises an array of generic anchor molecules. The anchors are associated with bifunctional linker molecules, each containing a portion which is specific for at least one of the anchors and a portion which is a probe specific for a target of interest. The resulting array of probes is used to analyze the presence or test the activity of one or more target molecules which specifically interact with the probes. In one embodiment of the invention, the test regions (which can be wells) are further subdivided into smaller subregions (indentations, or dimples). In one embodiment of the invention, ESTs are mapped. In another embodiment, the presence of a target nucleic acid is detected by protecting the target against nuclease digestion with a polynucleotide fragment, and analyzing the protected polynucleotide by mass spectrometry.

La présente invention concerne les compositions, le matériel et les méthodes utiles pour exécuter concurremment des analyses multiples et élevées de sortie, biologiques ou chimiques, en utilisant des choix répétés de sondes. Une combinaison de l'invention comporte une surface, qui comporte une pluralité des régions d'essai, au moins dont deux, et dans un mode de réalisation préféré, au moins dont vingt, sont essentiellement identiques, où chacune des régions d'essai comporte une rangée des molécules génériques d'ancre. Les ancres sont associées aux molécules d'éditeur de liens de bifunctional, chacune qui contient une partie qui est spécifique pour au moins une des ancres et d'une partie qui est un détail de sonde pour une cible d'intérêt. Le choix résultant de sondes est employé pour analyser la présence ou pour examiner l'activité d'une ou plusieurs molécules de cible qui spécifiquement interactif avec les sondes. Dans un mode de réalisation de l'invention, les régions d'essai (qui peuvent être des puits) sont encore subdivisées en plus petits subregions (impressions, ou fossettes). Dans un mode de réalisation de l'invention, ESTs sont tracés. Dans une autre incorporation, la présence d'un acide nucléique de cible est détectée en protégeant la cible contre la digestion de nucléase avec un fragment de polynucleotide, et en analysant le polynucleotide protégé par spectrométrie de masse.