The invention provides criteria and methods for selecting optimum subsequence(s) from a target gene for targeting by a zinc finger protein. Some of the methods of target site selection seek to identify one or more target segments having a DNA motif containing one or more so-called D-able subsites having the sequence 5'NNGK3'. Other methods of the invention are directed to selection of target segments within target genes using a correspondence regime between different triplets of three bases and the three possible positions of a triplet within a nine-base site. In another aspect, the invention provides methods of designing zinc finger proteins that bind to a preselected target site. These methods can be used following the preselection of target sites according to the procedures and criteria described above. The methods of design use a database containing information about previously characterized zinc finger proteins.

L'invention fournit des critères et des méthodes pour choisir le subsequence(s) optimum à partir d'un gène de cible pour viser par une protéine de doigt de zinc. Certaines des méthodes de recherche de choix d'emplacement de cible pour identifier un ou plusieurs segments de cible ayant un motif d'ADN contenir un ou plusieurs prétendus subsites D-capables ayant l'ordre 5'NNGK3 '. D'autres méthodes de l'invention sont dirigées vers le choix des segments de cible dans des gènes de cible en utilisant un régime de correspondance entre différents triplets de trois bases et les trois positions possibles d'un triplet dans un emplacement de neuf-base. Dans un autre aspect, l'invention fournit des méthodes de concevoir les protéines de doigt de zinc qui lient à un emplacement pré-sélectionné de cible. Ces méthodes peuvent être employées après la présélection des emplacements de cible selon les procédures et les critères décrits ci-dessus. Les méthodes de conception emploient une base de données contenant des informations sur les protéines précédemment caractérisées de doigt de zinc.