A method for designing compounds specifically targeting RNA sequences, based on the discovery of short, specific sequences within RNA that are critical to function, using modeling of the compound to effect binding to the nucleotide sequences in the RNA in combination with secondary and/or tertiary structure associated with the minor groove of the RNA in the region of the critical sequences. In the preferred method, computer modeling is used along with analysis of the targeted RNA sequence to design molecules binding to the targeted RNA by covalent or hydrogen binding. Appropriate molecules are synthesized using known methodology that have the required structure and chemical characteristics to specifically bind the critical region of the RNA and thereby inhibit the function of the RNA. Molecules known to bind to RNA can also be modified using this method to increase specificity, and thereby decrease toxicity.

Een methode om samenstellingen te ontwerpen die specifiek de opeenvolgingen van RNA richten, die op de ontdekking van korte, specifieke opeenvolgingen binnen RNA worden gebaseerd die kritiek om zijn te functioneren, gebruikend modellering van de samenstelling aan effect dat aan de nucleotideopeenvolgingen bindt in RNA in combinatie met secundaire en/of tertiaire structuur verbonden aan de minder belangrijke groef van RNA in het gebied van de kritieke opeenvolgingen. In de aangewezen methode, computer wordt de modellering samen met analyse van de gerichte opeenvolging van RNA aan ontwerpmolecules gebruikt die aan gericht RNA binden door covalente of waterstofband. De aangewezen molecules zijn samengesteld gebruikend bekende methodologie die de vereiste structuur en de chemische kenmerken hebben om het kritieke gebied van RNA specifiek te binden en daardoor de functie van RNA te remmen. De molecules die worden gekend om aan RNA te binden kunnen ook worden gewijzigd gebruikend deze methode om specificiteit te verhogen, en daardoor giftigheid te verminderen.