Disclosed are techniques for detection of nucleic acids, amplification of nucleic acids, or both, involving ligation by T4 RNA ligase of DNA strands hybridized to an RNA strand. These techniques are particularly useful for the detection of RNA sequences and for amplification of nucleic acids from, or dependent on, RNA sequences. It has been discovered that T4 RNA ligase can efficiently ligate DNA ends of nucleic acid strands hybridized to an RNA strand. In particular, this ligation is more efficient than the same ligation carried out with T4 DNA ligase. Thus, techniques involving ligation of DNA ends of nucleic acid strands hybridized to RNA can be performed more efficiently by using T4 RNA ligase. Many known ligation-based detection and amplification techniques are improved through the use of T4 RNA ligase acting on DNA strands or ends. Such techniques include ligase chain reaction (LCR), ligation combined with reverse transcription polymerase chain reaction (RT PCR), ligation-mediated polymerase chain reaction (LMPCR), polymerase chain reaction/ligation detection reaction (PCR/LDR), ligation-dependent polymerase chain reaction (LD-PCR), oligonucleotide ligation assay (OLA), ligation-during-amplification (LDA), ligation of padlock probes, open circle probes, and other circularizable probes, and iterative gap ligation (IGL).

Onthuld worden de technieken voor opsporing van nucleic zuren, versterking van nucleic zuren, of allebei, die afbinding impliceren door T4 RNA ligase van de bundels van DNA die aan een bundel van RNA worden gekruist. Deze technieken zijn bijzonder nuttig voor de opsporing van de opeenvolgingen van RNA en voor versterking van nucleic zuren van, of afhankelijk van, de opeenvolgingen van RNA. Men heeft ontdekt dat T4 ligase van RNA de einden van DNA van nucleic zuurbundels kan efficiënt afbinden die aan een bundel van RNA worden gekruist. In het bijzonder is deze afbinding efficiënter dan de zelfde afbinding die met T4 ligase van DNA wordt uitgevoerd. Aldus, kunnen de technieken die afbinding van de einden van DNA van nucleic zuurbundels impliceren die aan RNA worden gekruist efficiënter worden uitgevoerd door T4 ligase van RNA te gebruiken. Velen bekende op afbinding-gebaseerde opsporing en versterkingstechnieken zijn beter door het gebruik van T4 ligase van RNA handelend op de bundels of de einden van DNA. Dergelijke technieken omvatten ligase kettingreactie (LCR), afbinding die met de omgekeerde kettingreactie van de transcriptiepolymerase wordt gecombineerd (PCR van rechts), afbinding-bemiddelde polymerasekettingreactie (LMPCR), polymerasekettingreactie/de reactie van de afbindingsopsporing (PCR/LDR), afbinding-afhankelijke polymerasekettingreactie (LD-PCR), oligonucleotide afbindingsanalyse (OLA), afbinding-tijdens-versterking (LDA), afbinding van hangslotsondes, open cirkelsondes, en andere circularizable sondes, en herhaalde hiaatafbinding (IGL).