In a specific embodiment, this invention includes a method for determining an accurate, consensus pharmacophore structure shared by compounds that bind selectively to a target molecule. Optionally, the method begins with screening a diversity library against the target molecule of interest to pick the selectively binding members. Next the structure of the selected members is examined and a candidate pharmacophore responsible for the binding to the target molecule is determined. Next, preferably by REDOR nuclear magnetic resonance, several highly accurate interatomic distances are determined in certain of the selected members which are related to the candidate pharmacophore. A highly accurate consensus, configurational bias, Monte Carlo method determination of the structure of the candidate pharmacophore is made using the structure of the selected members and incorporating as constraints the shared candidate pharmacophore and the several measured distances. This determination is adapted to efficiently examine only relatively low energy configurations while respecting any structural constraints present in the organic diversity library. If the diversity library contains short peptides, the determination respects the known degrees of freedom of peptides as well as any internal constraints, such as those imposed by disulfide bridges. Finally, the highly accurate pharmacophore so determined is used to select lead organics for drug development targeted at the initial target molecule.

In un incorporamento specifico, questa invenzione include un metodo per la determinazione dell'esatto, struttura del pharmacophore di consenso compartecipe dai residui che si legano selettivamente ad una molecola dell'obiettivo. Facoltativamente, il metodo comincia con selezionare una biblioteca di diversità contro la molecola dell'obiettivo di interesse selezionare i membri selettivamente legantesi. Dopo la struttura dei membri selezionati sarà esaminata e un pharmacophore del candidato responsabile del grippaggio alla molecola dell'obiettivo è determinato. Dopo, preferibilmente da risonanza magnetica nucleare del REDOR, parecchie distanze interatomic altamente esatte sono determinate in un certo numero di membri selezionati che sono collegati con il pharmacophore del candidato. Un consenso altamente esatto, la polarizzazione configurational, determinazione di metodo de Monte Carlo della struttura del pharmacophore del candidato è fatto usando la struttura dei membri selezionati e comprendendo come vincoli il pharmacophore comune del candidato e le parecchie distanze misurate. Questa determinazione è adattata per esaminare efficientemente soltanto le configurazioni relativamente basse di energia mentre rispetta tutti i vincoli strutturali si presenta nella biblioteca organica di diversità. Se la biblioteca di diversità contiene i peptidi corti, la determinazione rispetta i gradi della libertà conosciuti dei peptidi così come tutti i vincoli interni, come quelli imposti dai ponticelli del bisolfuro. Per concludere, il pharmacophore altamente esatto in modo da determinato è usato per selezionare i prodotti organici del piombo per sviluppo della droga designato alla molecola iniziale dell'obiettivo.