An algorithm for determining the viral antigenic protein variants to be used to construct vaccines designed to immunize against variable viral populations (quasispecies) is described. The method entails analyzing multiple nucleotide sequences of viral proteins and identifying those variants that provide selective advantage to the virus. Examples are given for influenza A hemagglutinin 3 and HIV-1 gp120.

Een algoritme om de virale antigenic eiwitvarianten te bepalen die om vaccins moeten worden gebruikt te construeren die worden ontworpen om tegen veranderlijke virale bevolking (quasispecies) te immuniseren wordt beschreven. De methode brengt analyserend veelvoudige nucleotideopeenvolgingen van virale proteïnen met zich mee en identificerend die varianten die selectief voordeel aan het virus verstrekken. De voorbeelden worden gegeven voor gp120 van griepa hemagglutinin 3 en hiv-1.