Disclosed are compositions and a method for amplification of and multiplex detection of molecules of interest involving rolling circle replication. The method is useful for simultaneously detecting multiple specific nucleic acids in a sample with high specificity and sensitivity. The method also has an inherently low level of background signal. A preferred form of the method consists of an association operation, an amplification operation, and a detection operation. The association operation involves association of one or more specially designed probe molecules, either wholly or partly nucleic acid, to target molecules of interest. This operation associates the probe molecules to a target molecules present in a sample. The amplification operation is rolling circle replication of circular nucleic acid molecules, termed amplification target circles, that are either a part of, or hybridized to, the probe molecules. A single round of amplification using rolling circle replication results in a large amplification of the amplification target circles. Following rolling circle replication, the amplified sequences are detected using combinatorial multicolor coding probes that allow separate, simultaneous, and quantitative detection of multiple different amplified target circles representing multiple different target molecules. Since the amplified product is directly proportional to the amount of target sequence present in a sample, quantitative measurements reliably represent the amount of a target sequence in a sample. Major advantages of this method are that a large number of distinct target molecules can be detected simultaneously, and that differences in the amounts of the various target molecules in a sample can be accurately quantified. It is also advantageous that the DNA replication step is isothermal, and that signals are strictly quantitative because the amplification reaction is linear and is catalyzed by a highly processive enzyme.

São divulgados as composições e um método para o amplification de e a deteção multiplex das moléculas do interesse que envolvem o replication do círculo do rolling. O método é útil para simultaneamente detectar ácidos nucleic específicos múltiplos em uma amostra com specificity e sensibilidade elevados. O método tem também um nível inerente baixo do sinal do fundo. Um formulário preferido do método consiste em uma operação da associação, em uma operação do amplification, e em uma operação da deteção. A operação da associação envolve uma associação de um ou mais molécula especialmente projetada da ponta de prova, o ácido completamente ou em parte nucleic, para alvejar moléculas do interesse. Esta operação assocía as moléculas da ponta de prova às moléculas de um alvo atuais em uma amostra. A operação do amplification é replication do círculo do rolling de moléculas circulares do ácido nucleic, denominado os círculos do alvo do amplification, de que é uma parte, ou hybridized a, as moléculas da ponta de prova. Um único círculo do amplification que usa o replication do círculo do rolling resulta em um amplification grande dos círculos do alvo do amplification. Depois do replication do círculo do rolling, as seqüências amplificadas são detectadas usar as pontas de prova multicolor combinatorial do coding que permitem separado, simultâneo, e a deteção quantitative do múltiplo diferente amplificou os círculos do alvo que representam moléculas diferentes múltiplas do alvo. Desde que o produto amplificado é diretamente proporcional à quantidade de seqüência do alvo atual em uma amostra, as medidas quantitative representam confiantemente a quantidade de uma seqüência do alvo em uma amostra. As vantagens principais deste método são que um grande número moléculas distintas do alvo podem ser detectadas simultaneamente, e que as diferenças nas quantidades das várias moléculas do alvo em uma amostra podem exatamente quantified. É também vantajoso que a etapa do replication do DNA é isothermal, e que os sinais são estritamente quantitative porque a reação do amplification é linear e catalyzed por um enzyme altamente processive.