Polypeptides derived from a proteolytically cleaved portion of the invariant chain of MHC class II, termed CLIP, have been found to have immune modulatory properties. Depending on the portions of CLIP administered, immune responses can be either enhanced or suppressed. In addition, these portions can be used to cause weakly immunogenic proteins more strongly immunogenic. The polypeptides can be used directly to modulate the immune response, as can antibodies directed to particular portions of the CLIP polypeptides. Alternatively, polynucleotides encoding either the polypeptides of the antibodies can be administered to cause in situ generation of the immunomodulatory polypeptide or antibodies.

Polypeptides που προήλθαν από μια proteolytically διασπασμένη μερίδα της αμετάβλητης αλυσίδας MHC της κατηγορίας ΙΙ, κάλεσαν το ΣΥΝΔΕΤΉΡΑ, έχουν βρεθεί για να υπάρχουν οι άνοσες modulatory ιδιότητες. Ανάλογα με τις μερίδες του ΣΥΝΔΕΤΗΡΑ διεξαχθείσες, οι άνοσες απαντήσεις μπορούν είτε να ενισχυθούν είτε να κατασταλθούν. Επιπλέον, αυτές οι μερίδες μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να προκαλέσουν αδύναμα τις ανοσοποιητικές πρωτεϊ'νες εντονότερα ανοσοποιητικές. Polypeptides μπορούν να χρησιμοποιηθούν άμεσα για να διαμορφώσουν την άνοση απάντηση, όπως μπορούν τα αντισώματα που κατευθύνονται στις ιδιαίτερες μερίδες polypeptides ΣΥΝΔΕΤΗΡΩΝ. Εναλλακτικά, polynucleotides που κωδικοποιούν είτε polypeptides των αντισωμάτων μπορούν να χορηγηθούν για να προκαλέσουν την κανονική παραγωγή immunomodulatory polypeptide είτε τα αντισώματα.