An apparatus, systems and method for locating nucleic acids in an array on a substrate have self-locating nucleic acid features. The nucleic acid features produce nucleotide-dependent location signals or optically detectable contrast between nucleotide-bound regions and non-nucleotide-bound regions of the substrate when scanned by an optical scanner. When used as analytical tools for monitoring gene expression and mutations in gene sequences, the nucleotide features are hybridized with nucleic acids of known or unknown sequences. The apparatus, systems and method locate both weakly and strongly hybridized nucleotide features on the substrate for identification of target nucleic acid sequences. The nucleotide feature signals or contrast are independent of the optical signals conventionally produced by the hybridized nucleotides. Therefore, the apparatus, systems and method locate all of the nucleotide features, hybridized or not, independently of the extent of hybridization. The present invention advantageously self-locates both bright and dim hybridized features on an array substrate and is therefore, independent of the random and systematic errors associated with the manufacturing equipment and processes. Moreover, the present invention provides a powerful quality control tool to the in situ synthesis process. The present invention provides information about what part or percentage of each feature contains full-length probes. The present optical scanning system detects optical signals from the nucleotide features independently of the signals from the hybridized nucleotides using essentially conventional scanning technology. The independently detected signals are processed such that all features are located and the hybridized features are accurately detected and analyzed.

Un appareil, les systèmes et la méthode pour localiser les acides nucléiques dans une rangée sur un substrat ont des dispositifs d'acide nucléique de art de l'auto-portrait-locating. Les dispositifs d'acide nucléique produisent les signaux nucléotide-dépendants d'endroit ou optiquement le contraste discernable entre nucléotide-bondissent des régions et non-nucléotide-bondissent des régions du substrat une fois balayé par un balayeur optique. Une fois utilisés en tant qu'outils analytiques pour surveiller l'expression et les mutations de gène dans des ordres de gène, les dispositifs de nucléotide sont hybridés avec des acides nucléiques des ordres connus ou inconnus. Les appareils, les systèmes et la méthode localisent les dispositifs faiblement et fortement hybridés de nucléotide sur le substrat pour l'identification des ordres d'acide nucléique de cible. Les signaux ou le contraste de dispositif de nucléotide sont indépendant des signaux optiques par convention produits par les nucléotides hybridés. Par conséquent, les appareils, les systèmes et la méthode localisent tous les dispositifs de nucléotide, hybridé ou pas, indépendamment de l'ampleur de l'hybridation. De la présente invention les dispositifs hybridés lumineux et faibles avantageusement art de l'auto-portrait-locates sur un substrat de rangée et est donc, indépendant des erreurs aléatoires et systématiques liées au équipement industriel et aux processus. D'ailleurs, la présente invention fournit un outil puissant de contrôle de qualité au processus in situ de synthèse. La présente invention fournit des informations sur quelle partie ou le pourcentage de chaque dispositif contient les sondes intégrales. Le système actuel de balayage optique détecte les signaux optiques des dispositifs de nucléotide indépendamment des signaux des nucléotides hybridés en utilisant essentiellement la technologie conventionnelle de balayage. Les signaux indépendamment détectés sont traités tels que tous les dispositifs sont localisés et les dispositifs hybridés sont exactement détectés et analysés.