A method of analyzing DNA fragments separated electrophoretically is
presented. The method includes the use of an expert system that interprets
raw or preprocessed signal from the separation. The expert system can be
used for real-time base-calling, or applied offline after data acquisition
is complete. The expert system is directly applicable to all types of
electrophoretic separation used for DNA sequencing, i.e. slab gel,
capillary and microchip. Each lane of a multiplex system can consist of 1
to 4 (or even more) different fragment labels. The expert system may also
be used with other base-coding schemes, such as those in which more than
one base is labeled with a given dye, but the amount of label is different
for each base. When the presently disclosed method is applied to DNA
sequencing, the resulting interpretation comprises a DNA base sequence
with numerical confidences assigned to each base. By use of the presently
disclosed method the degree of automation of data processing in
high-throughput DNA sequencing is improved, as is the quality of the
results.
Μια μέθοδος τα τεμάχια DNA που χωρίζονται ηλεκτροφορητικά παρουσιάζεται. Η μέθοδος περιλαμβάνει τη χρήση ενός έμπειρου συστήματος που ερμηνεύει το ακατέργαστο ή προεπεξεργασμένο σήμα από το χωρισμό. Το έμπειρο σύστημα μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τον πραγματικό χρόνο βάση-που καλεί, ή να εφαρμοστεί off-$l*line αφότου η απόκτηση στοιχείων είναι πλήρης. Το έμπειρο σύστημα ισχύει άμεσα σε όλους τους τύπους ηλεκτροφορητικών χωρισμών που χρησιμοποιούνται για το DNA τοποθετώντας διαδοχικά, δηλ. πήκτωμα πλακών, τριχοειδές αγγείο και μικροτσίπ. Κάθε πάροδος ενός πολλαπλού συστήματος μπορεί να αποτελεσθεί από 1 έως 4 (ή ακόμα και περισσότερο) διαφορετικές ετικέτες τεμαχίων. Το έμπειρο σύστημα μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί με άλλα σχέδια βάση-κωδικοποίησης, όπως εκείνοι στους οποίους περισσότερες από μια βάσεις ονομάζονται με μια δεδομένη χρωστική ουσία, αλλά το ποσό ετικέτας είναι διαφορετικό για κάθε βάση. Όταν η προς το παρόν αποκαλυπτόμενη μέθοδος εφαρμόζεται στην αλληλοuχία DNA, η προκύπτουσα ερμηνεία περιλαμβάνει μια ακολουθία βάσεων DNA με τα αριθμητικά confidences που ορίζονται σε κάθε βάση. Μέσω της προς το παρόν αποκαλυπτόμενης μεθόδου ο βαθμός αυτοματοποίησης της επεξεργασίας δεδομένων στην αλληλοuχία DNA υψηλός-ρυθμοαπόδοσης βελτιώνεται, όπως είναι η ποιότητα των αποτελεσμάτων.
